SCoPE2，進(jìn)階的單細胞蛋白質(zhì)組方法揭露吞噬細胞蛋白質(zhì)組異質(zhì)性
得益于單細胞轉錄組學(xué)，現在具有不同表型的異質(zhì)群體細胞類(lèi)型的組織體已可以清晰識別。誠然，單一細胞分化經(jīng)常出現自蛋白介導的生理反應，對于不同翻譯修飾的理解依然有限。目前主流基于單細胞轉錄組測序技術(shù)對于許多樣本存在低采樣率，導致數字化mRNA計數器準確度差，由此可知，蛋白質(zhì)豐度估算也不可靠。
巨噬細胞是天然免疫細胞并具有不同功能和分子表型，對一系列疾病都很重要，包括腫瘤。由于上面提到的測序技術(shù)局限性，在單細胞蛋白質(zhì)組學(xué)領(lǐng)域卻發(fā)現存在大量未被發(fā)現的機理。
這里，Specht et al 使用多元LC-ESI-MS/MS（包括采用歐若拉納升色譜柱）進(jìn)行單細胞蛋白質(zhì)組學(xué)研究，進(jìn)一步優(yōu)化了他們早期的SCoPE-MS方法形成SCoPE2。這大大地提升了定量準確性和分析通量，通過(guò)自動(dòng)化微型樣本前處理裝置減少手動(dòng)操作時(shí)間，極大地降低了成本。
分析均一單核細胞分化成為類(lèi)吞噬細胞中異質(zhì)性的出現，啟用該方法使得在10天的機時(shí)內完成鑒定了1490個(gè)不同類(lèi)型的單細胞。
此外，數據表明甚至當分化源自暴露于同一環(huán)境的均一單核細胞，跨越一個(gè)連續活動(dòng)周期蛋白質(zhì)組階段時(shí)吞噬細胞蛋白質(zhì)組也發(fā)現了異質(zhì)性，這與此前發(fā)現存在細胞因子時(shí)出現的一種偏振軸有關(guān)。
這些數據可以實(shí)現臨床應用，比如一定疾病范圍的生物靶標發(fā)現和進(jìn)行基于蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò )功能的直接因果機制推斷。更多的細胞和蛋白質(zhì)變體的定量分析，在此方向研究時(shí)假定設想將會(huì )更少。
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賈羅德·桑道博士評注
